지구에 언제 침투할 지 모르는 외계인!
그런 외계인을 감시하는 비밀기관이 있습니다.
그들은 바로 일급 비밀기관 맨 인 블랙입니다.
뉴욕의 경찰을 하고 있는 제임스.
그는 어느 날 검은 양복을 입은 남자 케이를 만납니다.
케이를 만나 MB 본부에 들어간 제임스.
그는 비밀요원인 제이로 새롭게 태어납니다.
그렇게 외계에서 오는 다양한 생물체들을 심문하는 그들.
은하계의 악명높은 에드가를 보게 됩니다.
에드가는 지구에 몰래 잠입을 한 것입니다.
지구의 멸망을 가져오는 은하계의 전쟁.
그 전쟁을 막기 위해 MB팀은 에드가를 찾아내기로 합니다.
그리고 에드가에게 신비의 구슬이 있는데요.
이는 우주 평화가 담겨있습니다.
이 구슬을 빼앗아야만 합니다.
요원 케이는 MB를 떠나기로 결심합니다.
그는 사랑하는 여인과 여행을 떠나려고 하는데요.
결국 제이에게 부탁 한 가지를 하게 됩니다.
"나의 기억을 지워 주세요."
그렇게 케이가 떠나고 그의 빈 자리는 너무나 큽니다.
25년 전 MB에게 당한 복수를 위해 침입한 우주선.
콜라캔 크기의 우주선에서 한 여자가 내립니다.
여성지 모델로 자신을 복제한 외계인 입니다.
그녀의 이름은 셀리나라고 합니다.
MB 요원 중 한 명이 그녀와 손을 잡은 것인데요.
이미 때는 늦었습니다.
지구가 은하계의 전쟁에 낄 위험한 상황에 처하게 됩니다.
매우 위험한 위기에 처한 지구.
제이는 케이의 도움을 필요로 하게 되는데요.
그렇게 제이는 케이의 기억을 복구시키려 갖은 노력을 하게 되는데...
제이는 케이와 다시 함께 할 수 있을까요